本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。...

电影版《游戏王》改编自日本家喻户晓的纸牌游戏和电视卡通片，故事的小主人公武藤游戏是一个对纸牌游戏走火入魔的高中男孩儿，与怪兽斗争是他肩负的最大使命！　　看似简单的纸牌游戏，背后的真相永远比我们想象要复杂得多，它蕴含了能够改变历史进程的古老神秘力量！在埃及沙漠的深处，一个古老的恶灵被重新唤醒：几百年前被武藤游戏神秘的第二个我--“法老王”打败的亡灵之神重返人间，他要彻底打败武藤游戏并成为全世界的主宰...